Muzeum v Železné Rudě bylo založeno 1. května 1936 a jmenovalo se Královácké vlastenecké muzeum v Městě Železná Ruda ( Muzeum královského hvozdu ) - Künisches Heimatmuseum. Muzeum bylo umístěno v domě čp. 39 na tzv. Defferniker Strasse ( Debrnická ulice), dnešní Sklářská ulice. V tomto domě býval hostinec "Zur Post" a v polovině 19. století byl nazýván "untere Wirtshaus" - dolní hostinec. Býval zde také poštovní úřad, ale v roce 1943 zde byl již jen pension. Hlavním iniciátorem založení a rozvoje tohoto muzea byl zapomenutý regionální spisovatel, básník a sběratel šumavského folklóru Alois Hilgart. Hilgart se narodil 8. května 1877 na statku Hausbauernhof u Železné Rudy - čp. 61, odkud pocházel jeho otec sedlák Ignác Hilgart. Jeho matka Marie, rozená Seidlová, pocházela z dnes již zaniklé kochánovské rychty Žežulka ( Scheschulkahof - Kuckuck ). V době, kdy v Železné Rudě pomáhal založit muzeum, působil Aloise Hilgart již jako obchodník v severočeských Teplicích (Teplitz-Schönau). Kromě toho, že byl zakladatelem muzea a obchodníkem, byl i básníkem. Jeho poezie romanticky vycházela z odkazu lidových písní, jichž byl také významným sběratelem. Alois Hilgart zemřel v Erfurtu 1.4.1958.
Železnorudské muzeum vycházelo stejně jako naprostá většina muzeí té doby ze spolkového základu. Stanovy muzejního spolku "Králováckého vlasteneckého muzea v Městě Železná Ruda" jsou z 8.února 1937. Jako hlavní cíle muzea byly uvedeny: spravování a vedení muzea, vydávání knížek a odborných statí, sbírání knížek a odborných statí, obrazů a průmyslových výrobků, přístupná expozice spolkové sbírky, pořádání vědeckých přednášek a zasedání, pořádání výstav, vědecké průzkumy v různých oborech, zejména prehistorickém, geologickém, botanickém, zoologickém, meteorologickém a národopisném atd.
Alois Hilgart vytvořil i koncepci muzea, stanovil jeho rozdělení na jednotlivé obory, psal metodické pokyny - jak sbírat materiál, jak uspořádat sbírky, jaké informace z historie shromažďovat atd., např.:
Sbírka ptačích hnízd - pro sbírání ptačích hnízd jen třeba spolupráce zejména s lesníky a dřevaři. Je potřeba je poučit, aby nesbírali hnízda v době hnízdění, ale jen když jsou prázdná. Například dřevorubec porazí strom, prohlédne jej a najde pěnkavčí hnízdo nebo jinou ptačí skrýš. Odříznutou větev i s tímto úkrytem odnese do muzea. Při nálezu skřivánčího hnízda se počká, až mladí vyletí z hnízda, nožem se vyřízne zem okolo hnízda a donese do muzea. Sbírka ptačích hnízd je nesmírně zajímavá a cenná.
Rozdělení prostoru - každé muzeum potřebuje vystavovat, ale ne vše se může vystavovat, protože není dostatek prostoru. Zejména malé předměty se nemohou vystavovat volně. Musí být ve skříňkách nebo krabicích a příležitostně se vyndají ven a ukáží. Tímto způsobem se toho dá v jedné místnosti uložit více. Nejlepší jsou krabice z lisovaného kartonu, ale protože si je pro nedostatek finančních prostředků nemůžeme opatřit, musíme se spokojit s krabicemi z obyčejného papírového kartonu umístěnými v policích z latí a prken.
Starý Brunst - stejně jako s hutí Nový Brunst mělo by se postupovat i se statkem Starý Brunst. Žila zde také rodina Abele. Je třeba zpracovat dějiny tohoto statku. Není třeba psát žádný román. V nejhorším případě bude stačit stručný přehled vzniku, vývoje, událostí.
Při otevření muzea v roce 1936 byly muzeu předány např. malý kostelní zvon, první cyklistické vysoké kolo v Železné Rudě, které se dochovalo dodnes, znak zeměbrany, model hamru ( umístěny v expozici ). O sbírky muzea se dlouhou dobu starala učitelka slečna Tatzlová, která se zároveň zajímala o historii Šumavy a návštěvníkům o ní dokázala poutavě vyprávět. Slečna Tatzlová v roce 1946 také organizovala přestěhování sbírek do současné muzejní budovy. Expozice je dnes umístěna v domě, který v roce 1877 dal vystavět Jiří Kryštof Mikuláš Abele, který byl v letech 1861 - 1872 majitelem deskového statku Jiřičná u Sušice a který v tzv. abelovské vile v Železné Rudě v roce 1878 zemřel. S jeho dcerou Rosou se oženil roku 1869 Ferdinand Abele, který se byl vrchním inženýrem námořního dělostřelectva. Na odpočinek odešel v roce 1869 jako ředitel námořního arsenálu v Pulje a usadil se v Železné Rudě. Zde se aktivně zapojil do veřejného života. V letech 1898 - 1902 byl starostou Železné Rudy, pak byl jmenován čestným občanem města, byl členem okresního zastupitelstva atd. Ferdinand Abele měl 6 dětí, z nichž ve spojitosti s vilou Abelů je třeba zmínit Rudolfa, který byl fregatním kapitánem a který si ze svých cest přivezlo řadu památek uložených dnes ve sbírkách železnorudského muzea. Po první světové válce se i Rudolf usadil v abelovské vile a exponoval se ve veřejném životě jako jeho otec, zejména ve sportovních spolcích. Na konci druhé světové války se díky jeho diplomatickým schopnostem podařilo zabránit krveprolití - přesvědčil zdejší oddíly SS , aby nezaútočili na americkou armádu blížící se od Hojsovy Stráže a aby se stáhly ze Železné Rudy. Rudolf Abele v roce 1946 "věnoval" vilu Československému státu. Sám pak žil u své sestry v Mnichově, kde v únoru roku 1956 zemřel. Dům daroval státu s tím, že zde má být muzeum Abelů. Byly sem také přemístěny i sbírky původního muzea. V šedesátých a sedmdesátých letech však byla celá řada exponátů připomínajících rodinu Abele přestěhována do přístěnků v prvním patře, kde nebyly pro návštěvníky přístupné a v muzeu byla instalována expozice připomínající pohraniční stráž a ochranu hranic. Tuto expozici nahradila později expozice věnovaná železnorudské vzpouře legionářů v roce 1919. Tato expozice byla odstraněna po roce 1990.
I když železnorudské muzeum mělo zpočátku ambice stát se regionálním muzeem, sbírkový fond zůstal přes počáteční plány poměrně malý a protože vznik a rozvoj tohoto muzea podporovalo především německé obyvatelstvo, opadl po válce na určitou dobu o jeho další rozvoj zájem. Přesto i zde se podařilo soustředit slušnou sbírku například lidového malovaného nábytku ze Železnorudska, nebo soubor hamernického nářadí, což se spolu s abelovskou rodinnou sbírkou skla, nábytku a obrazů stalo solidním základem muzea. Muzeum se však od počátku stalo pouze stálou expozicí, zaměstnanec muzea zde působil jen jako správce a průvodce a žádnou další činnost nevyvíjel. Po slečně Tatzlové pracovalo v muzeu několik dalších správců - například pan Hopp, obuvník, který pocházel z Plánice. Pan Hopp byl velkým zastánce Alexandra Dubčeka a v roce 1968 ho při jeho plamenném projevu na Dubčekovu obranu ranila mrtvice. Jiným správcem byl pan Andrej Semanič, který pocházel od Prešova, ale Šumavu velice miloval. Muzeum se tehdy jmenovalo Klostermannovo muzeum. V roce 1990 odešel pan Semanič do důchodu a vrátil se ke svému bratrovi do Užhorodu.
Rok 1960 přinesl velké změny reorganizací územních celků a zřízením nových okresů. Historický okres Sušice byl po téměř sto letech zrušen a začleněn do okresu Klatovy. Tato změna a následně i celostátní snahy o integrace muzeí ovlivnila i činnost Okresního vlastivědného muzea horního Pootaví v Sušici. Už v roce 1964 tehdejší ředitel sušického muzea V. Holý uvažoval o začlenění sušického muzea ke kašperskohorskému muzeu. V návrhu z roku 1965 už počítal i se začleněním muzea v Železné Rudě. V roce 1967 se tak sloučila původně městská muzea v Sušici, Kašperských Horách a Železné Rudě do jednoho celku se jménem Muzeum Šumavy, jehož ředitelství zůstalo nadále v Sušici. Všechna tři muzea spojuje nejen společenskohistorická expozice podávající obraz života obyvatel Šumavy, ale především sklářská tématika.